Las localizaciones 1792 a la dirección especificada por LOMEM (localizaciones 128, 129; ($80, $81) – el puntero a la memoria baja del BASIC) también son utilizadas por el DOS y el Sistema de Gestión de Archivos (FMS). Consulte el código fuente del DOS e Inside Atari DOS para más detalles. Las direcciones que siguen son las del DOS 2.0S, el DOS oficial de Atari en el momento de escribir esto. Hay otro DOS disponible como alternativa al DOS 2.0 — K-DOS ™, de K-BYTE (R). El K-DOS no está basado en menús, sino en comandos. No utiliza todas las mismas posiciones de memoria que el DOS Atari, aunque utiliza una versión modificada del FMS Atari. (Otro DOS manejado por comandos, llamado OS/A+, es completamente compatible con el DOS 2.OS y está disponible en OSS, los creadores del DOS 2.0S).